Omicron: Tes PCR membantu menandai varian COVID

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) pada 26 November mendeklarasikan varian COVID-19 baru, yang disebut omicron, varian yang menjadi perhatian karena banyak mutasi dan bukti awal yang menunjukkan varian tersebut dapat lebih mudah menginfeksi ulang orang. Sejak pengumuman WHO, varian tersebut telah terdeteksi di lebih dari 20 negara, termasuk Amerika Serikat.

Karena semakin banyak kasus varian yang terus dikonfirmasi, beberapa orang di media sosial telah dipertanyakan bagaimana tes dapat mendeteksi varian baru. Yang lain bertanya jika tes baru dikembangkan untuk mendeteksi omicron.

Apakah ada tes baru untuk mendeteksi varian omicron?

Tidak, tidak ada tes baru untuk mendeteksi varian omicron. Tes molekuler yang sudah digunakan untuk menemukan infeksi COVID-19 dapat menandakan potensi infeksi omicron, yang dikonfirmasi melalui proses yang disebut sekuensing genom.

Intinya adalah salah satu tes umum yang sudah digunakan untuk menemukan infeksi COVID-19 juga dapat membantu mengidentifikasi omicron, dan kemudian dikonfirmasi menggunakan pengurutan genom, seperti varian lain seperti delta.

Berikut penjelasan ilmiahnya:

Tes Polymerase Chain Reaction (PCR) mendeteksi materi genetik dari virus SARS-CoV-2 penyebab COVID-19. Mereka adalah tes “standar emas” untuk mendiagnosis COVID-19, menurut Klinik Cleveland.

WHO mengatakan ada tes PCR yang banyak digunakan, Thermo Fisher TaqPath, yang dapat digunakan sebagai penanda untuk mengidentifikasi varian omicron. Tes tersebut menargetkan tiga gen, salah satunya tidak terdeteksi ketika ada tes positif untuk varian omicron, menurut WHO. Ini disebut “keputusasaan gen S” atau “kegagalan target gen S.”

“Salah satu mutasi genetik pada protein lonjakan, kami dapat menandainya dari salah satu tes PCR spesifik yang kami gunakan untuk mendiagnosis infeksi ini,” Richard Lessells, spesialis penyakit menular di Universitas KwaZulu-Natal di Afrika Selatan, mengatakan selama konferensi pers dengan pejabat kesehatan negara itu pada 25 November.

Varian alfa yang pertama kali terdeteksi pada September 2020 juga memiliki ciri “S gen dropout”. Tetapi mengingat prevalensi alfa yang rendah di seluruh dunia, WHO mengatakan peningkatan tiba-tiba dalam hasil tes “keluar dari gen S” mungkin menunjukkan varian omicron.

“Anda dapat memahami sebelum melakukan pengurutan seluruh genom tentang proporsi sampel yang dites positif yang mungkin merupakan varian ini,” kata Lessells.

Tetapi tes PCR tidak cukup untuk mengkonfirmasi kasus omicron. Konfirmasi dilakukan melalui genome sequencing, proses laboratorium yang menerjemahkan gen virus SARS-CoV-2. Begitulah cara AS dan negara-negara lain di seluruh dunia mengonfirmasi bahwa infeksi COVID-19 memiliki varian tertentu. Metode ini digunakan untuk mengonfirmasi kasus varian delta, yang masih mewakili 99% kasus COVID-19 di AS, dan digunakan untuk mengonfirmasi potensi infeksi varian omicron.

“Pengurutan genom memungkinkan para ilmuwan untuk mengidentifikasi SARS-CoV-2 dan memantau bagaimana hal itu berubah dari waktu ke waktu menjadi varian baru, memahami bagaimana perubahan ini memengaruhi karakteristik virus, dan menggunakan informasi ini untuk lebih memahami bagaimana hal itu dapat berdampak pada kesehatan,” Pusat untuk Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC) mengatakan.

WHO menyarankan negara-negara dengan kemampuan pengurutan genom untuk mengurutkan “subset representatif” dari kasus COVID-19 untuk membantu menentukan seberapa jauh varian omicron telah menyebar secara global.

AS mengurutkan sekitar 80.000 sampel per minggu, yaitu sekitar satu dari setiap tujuh kasus positif PCR, direktur CDC Dr. Rochelle Walensky mengatakan selama pengarahan Gedung Putih pada 30 November. Awal tahun ini, AS hanya mengurutkan sekitar 8.000 sampel. sampel per minggu.

“Kami memiliki alat dan pengawasan untuk mengidentifikasi varian omicron,” kata Walensky.

Food and Drug Administration (FDA) mengatakan, berdasarkan tinjauan awal, pihaknya yakin tes cepat dan tes PCR lain yang banyak digunakan di AS akan tetap efektif dalam mengidentifikasi kasus positif COVID-19 yang melibatkan varian omicron, meskipun tidak. langsung menandai infeksi omicron potensial.

Lebih dari VERIFIKASI: Tidak, WHO tidak mengatakan varian omicron berasal dari Afrika Selatan — dikatakan bahwa Afrika Selatan melaporkannya terlebih dahulu